工作原理是利用瓜子和其它夾雜物和物理機械性能的不同來進行的。種子清選設備利用以下幾種特性實現分離：

　　（1） 按重量及空氣動力學特性：用風機。（2） 按種子寬度和厚度尺寸分離：用各種篩子。

　　種子清選設備利用子粒和夾雜物在形狀、尺寸、比重、表面特性和空氣動力學特性等方面的差異，選出合格優良種子的機械。包括清種機和選種機。清種機用于從種子中清除夾雜物；選種機用于從清雜后的種子中精選出健壯飽滿、生活力強的子粒，必要時按種子的外形尺寸分級。